На 15.09.1988 г. в град Петрич отваря врати за над 800 ученици ново 24-класно основно училище. С решение №173 на ОбНС училището е удостоено с името на Антон Попов – общественик и антифашист. Първото административно ръководство на училището е в състав: Кирил Великов – директор, заместници: Никола Василев и Тинка Денишева. На учредително събрание, проведено на 20.10.1988 г., е избрано и първото училищно настоятелство с председател Иван Стоянов – главен счетоводител на комбинат „Биляна“. Бурната 1989 г. подлага на изпитания все още младия учителски колектив – усилията да намери своето място в образователната система на общината са съпътствани от промени във всички сфери на обществото.
На 15.02.1993 г. в резултат на спечелен конкурс за директор на училището е назначена Василка Иванова, завършила СУ „Климент Охридски“, специалност „Педагогика и история“. Отварянето на България към света изисква и нов поглед към образованието. Пето основно училище „Антон Попов“ поставя като свой приоритет, наред с добрата общообразователна подготовка, изучаването на чужди езици още в началните класове. Осъзнавайки значението на чуждите езици като средство за общуване в един по-глобален свят, ръководството на училището започва подготовка за въвеждане на учебен план за ранно чуждоезиково обучение. През 1993/94 училището въвежда изучаването на английски език в часовете по СИП в началните класове, а през следващата учебна година официално въвежда учебен план за ранно чуждоезиково обучение, според който учениците изучават английски език като първи чужд език още в първи клас в рамките на пет часа седмично и втори чужд език (френски или немски) – от пети клас, също в рамките на пет часа седмично. Училището получава подкрепа и от Френския културен институт в София.
Навлизането на компютърните технологии във всички сфери на живота поставя нови изисквания пред училището. С помощта на родители и на училищното настоятелство с председател Илия Левков се закупуват шест броя нови компютърни конфигурации. През учебната 1997/98 г. училището въвежда изучаване на ИТ в часовете по СИП от първи до осми клас.
Важна част от училищния живот са успехите на учениците в общински и областни олимпиади, участието им в национални конкурси, изложби и викторини, успехите им в спорта.
През пролетта на 1999 г. ръководството на училището прави мотивирано искане пред ОбС – Петрич, за преобразуването му в средно общообразователно училище. Искането е подкрепено от всички родители на учениците. Промяната на статута става със заповед на министъра на образованието: №РД-14-24/20.03.2000 г. През учебната 2001/2002 г. училището осъществява първия си прием в паралелки след завършено основно образование – чуждоезиков и хуманитарен профил. 2003 г. носи нови успехи за училището – училищният отбор по хандбал (момичета) под ръководството на своя преподавател Стоян Пецев достига до финала на ученическите игри в гр. Хасково. Добрата подготовка, която училището дава в усвояването на чужди езици, формира достатъчно високо самочувствие на преподаватели и ученици и през 2006 г. се започва работа по двустранен образователен проект с партньор Италия на тема: „Културен обмен между европейските училища“. Ръководители на проекта са Василка Балтаджиева, Малинка Стоева и Камелия Коконова.
Следващата 2007 г. е свързана със спечелване на проект по европейска образователна програма „Сократ“ на тема: „Водата във всички нейни състояния“, с ръководител Евелина Качулева, преподавател по френски език.
През 2008 г. стартира нов проект, финансиран по програма „Коменски“, на тема: „Една Европа – много култури“. Ръководител е Снежана Митова, учител по английски език. Заедно работят ученици и ръководители от десет държави: Полша, Чехия, Словения, Германия, Великобритания и др. Успоредно с това продължава сътрудничеството на училището с неговите стари приятели от град Аньоне, Италия. Започва работата по нов проект на тема: „Изучаване на историята в европейските измерения“. Всеки от партньорите проучва собствената си история в периода на Средновековието и търси допирни точки с историята на другите страни – участници в проекта: Италия, Малта, България. Работата по проекта приключва през октомври 2009 г. с издаване на книга, написана на английски и италиански език. Наред с това в училището се заражда силен интерес към училищния театър. Поставят се театрални постановки по „Под игото“ на Иван Вазов и „Криворазбраната цивилизация“ на Добри Войников под ръководството на преподавателката по български език и литература Нели Стоименова.
2010 г. е свързана с дългоочакваното възстановяване на единственото по рода си в общината спортно съоръжение – закрития плувен басейн, чийто ремонт е завършен с финансови средства по национална програма „Оптимизация на училищната мрежа“. Заедно с плувния басейн в училището открива врати и модерна фитнес-зала.
Днес СОУ „Антон Попов“ е съвременна образователна институция с добра учебна и спортна база, с добри преподаватели и достойни ученици, готови да посрещнат предизвикателствата на времето.
От учебната 2016/2017 г. училището е преименувано в СУ „Антон Попов“.
